Die Vegatationsgliederung erfolgt hauptsächlich als Folge der Verteilung und Menge der Niederschläge. Entsprechend erstreckt sich in der tiefgelegenen Regionen eine große Fläche tropischen Regenwaldes. Es ist dies der üppige, immergrüne Wald, welcher der Vorstellung von „Urwald“ am nächsten kommt und stockwerkartig aufgebaut ist. Die Verflechtung der verschiedenen Lebensweisen ist einzigartig und derart kompliziert, dass sie bis heute nicht annähernd erforscht ist. Neben dem Regenwald, der im Bergland dann in Bergregenwald übergeht, gibt es in noch größeren Höhenzonen dann den Nebelwald. Er ist niedriger, macht aber einen dichteren und undurchdringlicheren Eindruck. Die Aufsitzerpflanzen wie Bromelien, Lianen und Orchideen haben hier ihren Schwerpunkt.
Noch höher im Gebirge schließt sich dann die Puna und der Paramo an. Sie ist gekennzeichnet durch viele Pflanzen, wie z. B. die „Betenden Mönche“, die mit diesen Extrembedingungen zurecht kommen – also hohe Sonneneinstrahlung bei massiven Temperaturschwankungen bis weit unter den Gefrierpunkt. Ansonsten wächst in der Puna / dem Paramo hartes, spitzes Büschelgras und eine Moosart, das Yareta. In einigen Gegenden ist die Riesenbromelie Puya raimondii noch zu finden. Sie wird bis zu 10 m hoch! In mittleren Höhen können wunderschöne Säulen- und Gliederkakteen bewundert werden.
In der fast vegetationslosen Küstenebene wächst entsprechend deutlich weniger. Das Schilfrohr dient als Baumaterial und wo künstlich bewässert wird, entstanden einst große Oasen. Hier gedeihen Reis, Mais, Zuckerrohr und Baumwolle sowie Mango, Papaya, Pepino, Passionsfrüchte und Avocado. Angebaut werden in den andinen Höhen Getreide und Mais (35 Sorten), Quinoa Amarant und unzählige Arten von Kartoffeln. Aus der Rinde des peruanischen Chinchona-Baumes gewann man Chinin, früher das einzige Mittel gegen Malaria. In den Hochtälern der Anden ist der aus Australien eingeführte Eukalyptusbaum dominierend, unsere eupopäischen Laub- und Nadelbäume sind weitgehend unbekannt.
